Für die thematischen Arbeits- schwerpunkte Siedlungs- klimaschutz, Hochwasser- schutz, Landwirtschaft und Biotopverbund wurden 4 regional-thematische Arbeits- gruppen eingerichtet, die während der Projektdauer jeweils 3-mal tagen werden. Die relevanten Themen werden dabei exemplarisch in Teilräumen der Modellregion vertieft, und zwar entsprechend der Lage der „Hot Spots“ (z. B. Siedlungsklima im Ballungsraum). Geleitet werden die Arbeitsgruppen jeweils von zwei Vertretern der Projektgruppe.
Parallel zu den Arbeitsgruppen wurde eine fachübergreifende Projektgruppe eingesetzt, die sich vor allem mit der Evaluierung, Risiko-/Chancenabschätzung und regionalen Klima- anpassungsstrategie beschäftigt. Diese Projektgruppe besteht aus den Regierungspräsidien Gießen und Darmstadt, dem Planungsverband Ballungsraum Frankfurt/Rhein-Main sowie fachlichen Beratern. Für das Projekt wurde außerdem eine entscheidungsbefugte Lenkungsgruppe eingesetzt, der die beteiligten Regionalplanungsinstitutionen (z. B. die Regierungspräsidien) angehören.
